surgumedВестник СурГУ. МедицинаVestnik SurGU. Meditsina2949-3447Сургутский государственный университет10.35266/2949-3447-2026-1-12surgumed-992Research ArticleМЕДИКО-БИОЛОГИЧЕСКИЕ НАУКИ. ОРИГИНАЛЬНОЕ ИССЛЕДОВАНИЕLIFE SCIENCES. ORIGINAL RESEARCHДИНАМИКА ЗАБОЛЕВАЕМОСТИ И ГЕНЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ СТРУКТУРЫ SARS-COV-2 И ВИРУСОВ ГРИППА У НАСЕЛЕНИЯ МОСКВЫMORBIDITY DYNAMICS AND GENETIC ANALYSIS OF SARS-COV-2 AND INFLUENZA VIRUSES STRUCTURE IN MOSCOW POPULATIONДомкинА. В.DomkinA. V.

врач-эпидемиолог

Epidemiologist

https://orcid.org/0000-0001-5387-5554ХомяковаЕ. А.KhomyakovaE. A.

младший научный сотрудник

Khomyakova

kate.hom@gmail.comhttps://orcid.org/0000-0002-8099-6877ЩербаковаА. С.ShcherbakovaA. S.

кандидат биологических наук, старший научный сотрудник

Candidate of Sciences (Biology), Senior Researcher

https://orcid.org/0009-0000-5267-585XДубановА. В.DubanovA. V.

кандидат биологических наук, старший научный сотрудник

Candidate of Sciences (Biology), Senior Researcher

https://orcid.org/0000-0001-8771-4177ЯковлеваД. А.YakovlevaD. A.

кандидат медицинских наук, старший научный сотрудник

Candidate of Sciences (Medicine), Senior Researcher

https://orcid.org/0000-0003-2464-7370ЧерновА. Н.ChernovA. N.

кандидат биологических наук, старший научный сотрудник

Candidate of Sciences (Biology), Senior Researcher

https://orcid.org/0000-0002-0091-2224ГлотовО. С.GlotovO. S.

доктор биологических наук, начальник московского геномного центра

Doctor of Sciences (Biology), Head of Moscow Genomic Center

https://orcid.org/0009-0000-8597-7125КомаровА. Г.KomarovA. G.

главный внештатный специалист по клинической лабораторной диагностике, директор

Chief Clinical Laboratory Diagnostics Consultant, Head

Московский научно-практический центр лабораторных исследований Департамента здравоохранения города Москвы, МоскваРоссияMoscow Scientific and Practical Center for Laboratory Research of the Moscow Healthcare Department, MoscowRussian FederationМосковский научно-практический центр лабораторных исследований Департамента здравоохранения города Москвы, Москва; Научно-исследовательский институт вакцин и сывороток им. И. И. Мечникова, МоскваРоссияMoscow Scientific and Practical Center for Laboratory Research of the Moscow Healthcare Department, Moscow; I. Mechnikov Research Institute of Vaccines and Sera, MoscowRussian FederationМосковский научно-практический центр лабораторных исследований Департамента здравоохранения города Москвы, МоскваРоссияMoscow Scientific and Practical Center for Laboratory Research of the Moscow Healthcare Department, MoscowRussian Federation20260505202619195–104Copyright © Домкин А.В., Хомякова Е.А., Щербакова А.С., Дубанов А.В., Яковлева Д.А., Чернов А.Н., Глотов О.С., Комаров А.Г., 20262026Домкин А.В., Хомякова Е.А., Щербакова А.С., Дубанов А.В., Яковлева Д.А., Чернов А.Н., Глотов О.С., Комаров А.Г.Domkin A.V., Khomyakova E.A., Shcherbakova A.S., Dubanov A.V., Yakovleva D.A., Chernov A.N., Glotov O.S., Komarov A.G.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.surgumed.ru/jour/article/view/992

Цель исследования – установить генетическую структуру (штаммы, серотипы) коронавируса SARS-CoV‑2, вирусов гриппа, оценить уровень заболеваемости населения Москвы и предложить меры для эффективного управления эпидемиологической ситуацией. У пациентов с симптомами острых респираторных вирусных инфекций отбирали мазки из носоротоглотки для проведения теста полимеразной цепной реакции и высокопроизводительного секвенирования (NGS, MiSeq Illumina, США) на SARS-CoV‑2 и вирусы группа штаммов А, В. Биоинформатический анализ геномных последовательностей проводили с помощью IRMA 1.2.1, BLAST 6 и pangolin. В конце 2021 – начале 2022 г. в генетической структуре заболеваемости COVID‑19 населения Москвы произошла смена сублинии AY штамма дельта SARS-CoV‑2 на сублинию BA штамма Омикрон, что вызвало увеличение заболеваемости до 3 700 человек на 100 тысяч. С конца 2022 по начало 2025 г. инфицированность населения COVID‑19 находилась на уровне 100–500 человек на 100 тысяч, что связано с появлением менее вирулентных сублиний XBB, JN.1, FliRT, KS1, LR1, LF, FL1 штамма Омикрон. В конце 2022 – начале 2023 г. жители Москвы на 64,3–97,6 % были инфицированы штаммом A вируса гриппа (H1N1), но с 23 января 2023 г. доминирующее положение занял штамм В, на долю которого в начале 2023 г. приходилось 52,36–97,37 % всех протестированных образцов. В конце 2023 – начале 2024 г. население Москвы было инфицировано сразу двумя новыми штаммами H3N2 вируса гриппа A/Massachusetts/01/2020 и А/Massachusetts/38/2019. В конце 2024 – начале 2025 г. москвичи были инфицированы новым субклоном штамма A вируса гриппа (H1N1, Hawaii 25/2020), а также штаммом В (Texas). Результаты исследования могут способствовать своевременной модернизации диагностических тест-систем для полимеразной цепной реакции диагностики, подбору штаммов-кандидатов для вакцин и оценке эффективности существующих вакцин и противовирусных препаратов.

The paper aims to define the genetic structure (strains, serotypes) of coronavirus SARS-CoV-2 and influenza viruses as well as assess the infection rate among the Moscow population and suggest measures for effective management of the epidemiological situation. Patients with upper respiratory tract infections (URTI) symptoms undergo naso-oropharyngeal swabbing procedure. The taken samples are used in polymerase chain reaction (PCR) testing and next generation sequencing (NGS) by means of MiSeq system (Illumina, US) for SARS-CoV-2 and influenza А and В viruses detection. The authors perform a bioinformatic analysis of genome sequences using Iterative Refinement Meta-Assembler (IRMA 1.2.1), Basic Local Alignment Search Tool (BLAST 6), and Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages (PANGOLIN). From late 2021 to early 2022, the genetic structure of COVID-19 diagnosed in Moscow residents changed. Thus, the sublineage BA of the Omicron variant replaced the sublineage AY of the SARS-CoV-2 Delta strain. Consequently, the infection rate rose to 3700 per 100,000 people. Associated with the appearance of less virulent Omicron sublineages (XBB, JN.1, FliRT, KS1, LR1, LF, FL1), the rate between the end of 2022 and the start of 2025 stood at 100–500 per 100,000 individuals. Between late 2022 and early 2023, 64.3–97.6% of the specified population was infected with the H1N1 strain of influenza A. However, since January 23, 2023, the B variant became prevalent, counting 52.36–97.37% of all test swabs in early 2023. From the end of 2023 to the beginning of 2024, Moscow citizens contracted 2 novel H3N2 strains of influenza A: A/Massachusetts/01/2020 and A/Massachusetts/38/2019. From late 2024 to early 2025, Moscow residents were diagnosed with a newly emerged subclone of influenza A strain, i.e. H1N1, Hawaii/25/2020, and the Texas/43/2019 variant of influenza B. The outcomes of this research hold the potential to advance the modernization of PCR-based diagnostic kits, aid in the selection of vaccine strain candidates, and evaluate the effectiveness of established vaccines and antiviral treatments.

острые респираторные вирусные инфекциимониторинг ОРВИгенетическая структура линий коронавирусаэпидемиологический надзорПЦРNGS-секвенированиевирусы гриппа АВupper respiratory tract infections (URTI)URTI monitoringgeneric structure of coronavirus lineagesepidemiological surveillancepolymerase chain reaction (PCR)next generation sequencing (NGS)influenza viruses А and Встатья подготовлена при поддержке Департамента здравоохранения города Москвы в рамках научно-исследовательской работы (№ 125081809569–0 в Единой государственной информационной системе учета научно-исследовательских, опытно-конструкторских и технологических работ) в соответствии с программой «Научное обеспечение столичного здравоохранения» на 2023–2025 годы.ReferencesShuaibu B. I., Momodu A., Muhibi M. A. et al. A comparative review on the epidemiology of influenza, COVID-19 and respiratory syncytial viruses // Discover Medicine. 2025. Vol. 2. https://doi.org/10.1007/s44337-025-00518-z.Shuaibu B. I., Momodu A., Muhibi M. A. et al. A comparative review on the epidemiology of influenza, COVID-19 and respiratory syncytial viruses // Discover Medicine. 2025. Vol. 2. https://doi.org/10.1007/s44337-025-00518-z.Khan M., Adil S. F., Alkhathlan H. Z. et al. COVID-19: A global challenge with old history, epidemiology and progress so far // Molecules. 2020. Vol. 26, no. 1. https://doi.org/10.3390/molecules26010039.Khan M., Adil S. F., Alkhathlan H. Z. et al. COVID-19: A global challenge with old history, epidemiology and progress so far // Molecules. 2020. Vol. 26, no. 1. https://doi.org/10.3390/molecules26010039.COVID-19 CORONAVIRUS PANDEMIC. URL: https://www.worldometers.info/coronavirus (дата обращения: 23.09.2025).COVID-19 CORONAVIRUS PANDEMIC. URL: https://www.worldometers.info/coronavirus (дата обращения: 23.09.2025).Авдеев С. Н., Адамян Л. В., Алексеева Е. И. и др. Временные методические рекомендации. Профилактика, диагностика и лечение новой коронавирусной инфекции (COVID-19). Версия 17. М., 2022. 260 с.Авдеев С. Н., Адамян Л. В., Алексеева Е. И. и др. Временные методические рекомендации. Профилактика, диагностика и лечение новой коронавирусной инфекции (COVID-19). Версия 17. М., 2022. 260 с.Wiersinga W. J., Rhodes A., Cheng A. C. et al. Pathophysiology, transmission, diagnosis, and treatment of coronavirus disease 2019 (COVID-19): A review // JAMA: Journal of the American Medical Association. 2020. Vol. 324, no. 8. P. 782–793. https://doi.org/10.1001/jama.2020.12839.Wiersinga W. J., Rhodes A., Cheng A. C. et al. Pathophysiology, transmission, diagnosis, and treatment of coronavirus disease 2019 (COVID-19): A review // JAMA: Journal of the American Medical Association. 2020. Vol. 324, no. 8. P. 782–793. https://doi.org/10.1001/jama.2020.12839.Bouvier N. M., Palese P. The biology of influenza viruses // Vaccine. 2008. Vol. 26, suppl. 4. P. D49–D53. https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2008.07.039.Bouvier N. M., Palese P. The biology of influenza viruses // Vaccine. 2008. Vol. 26, suppl. 4. P. D49–D53. https://doi.org/10.1016/j.vaccine.2008.07.039.Current ICTV Taxonomy Release. URL: https://ictv.global/taxonomy (дата обращения: 14.09.2025).Current ICTV Taxonomy Release. URL: https://ictv.global/taxonomy (дата обращения: 14.09.2025).Комаров А. Г., Беляева А. С., Шпакова О. Г. и др. Применение технологии NGS в популяционном анализе респираторных вирусных инфекций // Журнал «Поликлиника». 2024. № 3. С. 66–72.Комаров А. Г., Беляева А. С., Шпакова О. Г. и др. Применение технологии NGS в популяционном анализе респираторных вирусных инфекций // Журнал «Поликлиника». 2024. № 3. С. 66–72.Об утверждении Временного порядка предоставления данных расшифровки генома возбудителя новой коронавирусной инфекции (COVID-19) : постановление Правительства РФ от 23.03.2021 № 448. Доступ из СПС «Гарант».Об утверждении Временного порядка предоставления данных расшифровки генома возбудителя новой коронавирусной инфекции (COVID-19) : постановление Правительства РФ от 23.03.2021 № 448. Доступ из СПС «Гарант».Shepard S. S., Meno S., Bahl J. et al. Viral deep sequencing needs an adaptive approach: IRMA, the iterative refinement meta-assembler // BMC Genomics. 2016. Vol. 17. https://doi.org/10.1186/s12864-016-3030-6.Shepard S. S., Meno S., Bahl J. et al. Viral deep sequencing needs an adaptive approach: IRMA, the iterative refinement meta-assembler // BMC Genomics. 2016. Vol. 17. https://doi.org/10.1186/s12864-016-3030-6.Basic Local Alignment Search Tool. URL: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi (дата обращения: 07.09.2025).Basic Local Alignment Search Tool. URL: https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi (дата обращения: 07.09.2025).GenBank Overview. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank (дата обращения: 07.09.2025).GenBank Overview. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank (дата обращения: 07.09.2025).Gupta S. K., Minocha R., Thapa P. J. et al. Role of the pangolin in origin of SARS-CoV-2: An evolutionary perspective // International Journal of Molecular Sciences. 2022. Vol. 23, no. 16. https://doi.org/10.3390/ijms23169115.Gupta S. K., Minocha R., Thapa P. J. et al. Role of the pangolin in origin of SARS-CoV-2: An evolutionary perspective // International Journal of Molecular Sciences. 2022. Vol. 23, no. 16. https://doi.org/10.3390/ijms23169115.Lu Y., Ao D., He X. et al. The rising SARS-CoV-2 JN.1 variant: Evolution, infectivity, immune escape, and response strategies // MedComm. 2024. Vol. 5, no. 8. https://doi.org/10.1002/mco2.675.Lu Y., Ao D., He X. et al. The rising SARS-CoV-2 JN.1 variant: Evolution, infectivity, immune escape, and response strategies // MedComm. 2024. Vol. 5, no. 8. https://doi.org/10.1002/mco2.675.Nguyen J. L., Mitratza M., Volkman H. R. et al. Effectiveness of the BNT162b2 XBB.1.5-adapted vaccine against COVID-19 hospitalization related to the JN.1 variant in Europe: A test-negative case-control study using the id.DRIVE platform // eClinicalMedicine. 2025. Vol. 79. https://doi.org/10.1016/j.eclinm.2024.102995.Nguyen J. L., Mitratza M., Volkman H. R. et al. Effectiveness of the BNT162b2 XBB.1.5-adapted vaccine against COVID-19 hospitalization related to the JN.1 variant in Europe: A test-negative case-control study using the id.DRIVE platform // eClinicalMedicine. 2025. Vol. 79. https://doi.org/10.1016/j.eclinm.2024.102995.Gladkikh A., Dedkov V., Sharova A. et al. Epidemiological features of COVID-19 in Northwest Russia in 2021 // Viruses. 2022. Vol. 14, no. 5. https://doi.org/10.3390/v14050931.Gladkikh A., Dedkov V., Sharova A. et al. Epidemiological features of COVID-19 in Northwest Russia in 2021 // Viruses. 2022. Vol. 14, no. 5. https://doi.org/10.3390/v14050931.Guo C., Yu Yu., Liu J. et al. Antigenic and virological characteristics of SARS-CoV-2 variants BA.3.2, XFG, and NB.1.8.1 // The Lancet Infectious Diseases. 2025. Vol. 25, no. 7. P. e374–e377. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(25)00308-1.Guo C., Yu Yu., Liu J. et al. Antigenic and virological characteristics of SARS-CoV-2 variants BA.3.2, XFG, and NB.1.8.1 // The Lancet Infectious Diseases. 2025. Vol. 25, no. 7. P. e374–e377. https://doi.org/10.1016/S1473-3099(25)00308-1.Яцышина С. Б., Артамонова А. А., Елькина М. А. и др. Генетическая характеристика вирусов гриппа A и B, циркулировавших в России в 2019–2023 годах // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2024. Т. 101, № 6. С. 719–734. https://doi.org/10.36233/0372-9311-480.Яцышина С. Б., Артамонова А. А., Елькина М. А. и др. Генетическая характеристика вирусов гриппа A и B, циркулировавших в России в 2019–2023 годах // Журнал микробиологии, эпидемиологии и иммунобиологии. 2024. Т. 101, № 6. С. 719–734. https://doi.org/10.36233/0372-9311-480.Krishna S., Jayaram A., Shetty U. et al. Detection of H275Y oseltamivir resistance gene mutation among Influenza A(H1N1) pdm09 patients by allelic discrimination real-time RT-PCR // Journal of Medical Virology. 2023. Vol. 95, no. 5. https://doi.org/10.1002/jmv.28764.Krishna S., Jayaram A., Shetty U. et al. Detection of H275Y oseltamivir resistance gene mutation among Influenza A(H1N1) pdm09 patients by allelic discrimination real-time RT-PCR // Journal of Medical Virology. 2023. Vol. 95, no. 5. https://doi.org/10.1002/jmv.28764.Vlaicu O., Banica L., Hohan R. et al. Antigenic divergence from the seasonal vaccine of the influenza virus strains circulating in Romania during three successive seasons (2021–2024) // Microorganisms. 2024. Vol. 12, no. 11. https://doi.org/10.3390/microorganisms12112363.Vlaicu O., Banica L., Hohan R. et al. Antigenic divergence from the seasonal vaccine of the influenza virus strains circulating in Romania during three successive seasons (2021–2024) // Microorganisms. 2024. Vol. 12, no. 11. https://doi.org/10.3390/microorganisms12112363.Cheng Z., Sun Ye., Shen Ya. et al. A single mutation at position 214 of influenza B hemagglutinin enhances cross-neutralization // Emerging Microbes & Infections. 2025. Vol. 14, no. 1. https://doi.org/10.1080/22221751.2025.2467770.Cheng Z., Sun Ye., Shen Ya. et al. A single mutation at position 214 of influenza B hemagglutinin enhances cross-neutralization // Emerging Microbes & Infections. 2025. Vol. 14, no. 1. https://doi.org/10.1080/22221751.2025.2467770.Allen J. D., Ross T. M. H3N2 influenza viruses in humans: Viral mechanisms, evolution, and evaluation // Human Vaccines & Immunotherapeutics. 2018. Vol. 14, no. 8. P. 1840–1847. https://doi.org/10.1080/21645515.2018.1462639.Allen J. D., Ross T. M. H3N2 influenza viruses in humans: Viral mechanisms, evolution, and evaluation // Human Vaccines & Immunotherapeutics. 2018. Vol. 14, no. 8. P. 1840–1847. https://doi.org/10.1080/21645515.2018.1462639.Латыпова М. Ф., Комаров А. Г., Мигяев О. К. и др. Организация геномного надзора за респираторными вирусными инфекциями, циркулирующими на территории города Москвы // Здравоохранение Российской Федерации. 2024. Т. 68, № 5. С. 412–418. https://doi.org/10.47470/0044-197X-2024-68-5-412-418.Латыпова М. Ф., Комаров А. Г., Мигяев О. К. и др. Организация геномного надзора за респираторными вирусными инфекциями, циркулирующими на территории города Москвы // Здравоохранение Российской Федерации. 2024. Т. 68, № 5. С. 412–418. https://doi.org/10.47470/0044-197X-2024-68-5-412-418.Hasan A., Sasaki T., Phadungsombat Ju. et al. Genetic analysis of influenza A/H1N1pdm strains isolated in Bangladesh in early 2020 // Tropical Medicine and Infectious Disease. 2022. Vol. 7, no. 3. https://doi.org/10.3390/tropicalmed7030038.Hasan A., Sasaki T., Phadungsombat Ju. et al. Genetic analysis of influenza A/H1N1pdm strains isolated in Bangladesh in early 2020 // Tropical Medicine and Infectious Disease. 2022. Vol. 7, no. 3. https://doi.org/10.3390/tropicalmed7030038.Guarnaccia T., Carolan L. A., Maurer-Stroh S. et al. Antigenic drift of the pandemic 2009 A(H1N1) influenza virus in a ferret model // PLoS Pathogens. 2013. Vol. 9, no. 5. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1003354.Guarnaccia T., Carolan L. A., Maurer-Stroh S. et al. Antigenic drift of the pandemic 2009 A(H1N1) influenza virus in a ferret model // PLoS Pathogens. 2013. Vol. 9, no. 5. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1003354.

The authors declare that there are no conflicts of interest present.